審查作業分為初評及複評，其作業程序如下：
一、初評：由中央主管機關就申請者檢送之文件與資料進行審查是否符合第三條及第四條之規定；通過初評之申請者，取得複評資格。
二、複評：
（一）取得專利：由評選小組就專利商品化之可行性，排定獎勵之優先順序。
（二）技術研發：由評選小組就申請研發之技術，審查可應用於既有商品之實用性或具有商品化的潛力，並就通過審查案件者，排定獎勵之優先順序。

前項審查作業必要時得進行實地現勘，或要求申請者提出相關實驗數據、半成品及其他足資證明之驗證文件。