使用費之徵收，於許可使用前，按其核准期間一次徵收。但公營公用事業機構施設永久性建造物、種植植物者，於許可使用時徵收當年度許可使用費，第二年起至許可期間屆滿止，應於下列規定期限前，按年徵收許可使用費：
一、公營公用事業機構施設永久性建造物：每年一月三十一日前徵收當年期使用費。
二、種植植物：每年十月三十一日前徵收當年期使用費。

使用費之一次徵收金額在新臺幣一百萬元以上者，申請人得於繳納期限內，向中央管排水管理機關申請分二期至六期繳納，每期間隔以不超過二個月為限。

前項申請分期繳納者，應自原繳納期限屆滿之次日起至繳費之日止，依原繳納期限屆滿之日郵政儲金匯業局之一年期定期存款利率，按日加計利息，一併繳納。

申請人未如期繳交分期繳納之任一分期應繳納之使用費及加計之利息者，排水管理機關應於該期繳納期限屆滿之次日起十五日內，就未繳清之使用費餘額，發單通知申請人，限十日內一次全部繳清。