目的事業主管機關依前條轉送用水計畫，其開發行為終期計畫用水量達每日三千立方公尺以上者，由經濟部水利署受理；未達每日三千立方公尺者，依開發行為所在地區，由下列機關受理：
一、經濟部水利署北區水資源分署：開發行為位於花蓮縣、宜蘭縣、基隆市、臺北市、新北市、桃園市、新竹縣、新竹市或連江縣。
二、經濟部水利署中區水資源分署：開發行為位於苗栗縣、臺中市、彰化縣、雲林縣、南投縣或金門縣。
三、經濟部水利署南區水資源分署：開發行為位於嘉義縣、嘉義市、臺南市、高雄市、屏東縣、臺東縣或澎湖縣。