本基金之收支、保管及運用，應設置中小企業發展基金管理委員會（以下簡稱本會），置委員九人至十九人，其中一人為主任委員，由本部部長派員兼任之；其餘委員，由本部就有關機關及中小企業代表聘兼之；委員任一性別比例不得低於三分之一。

委員任期三年，期滿得續聘；聘期內委員職務異動時，得辦理改聘，其聘期至原聘委員任期屆滿之日止。

本會每四個月開會一次，必要時得召開臨時會議，並得邀請有關團體或業者派員列席，會議均由主任委員召集之；主任委員因故不能出席時，由主任委員指定委員一人代理。