中小企業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合第二條至第四條規定提供審查意見：
一、中小企業之組織系統圖及研究人員名冊。
二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。
三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。
四、研究計畫、紀錄或報告。
五、其他有關證明文件。

中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將前項審查意見函送中小企業之公司登記所在地稅捐稽徵機關供辦理核定投資抵減稅額。但不符第四條規定者，僅函送資格條件之審查意見。中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知中小企業之公司登記所在地稅捐稽徵機關。

中小企業當年度之研究發展支出，依第七條規定提出專案認定申請者，應與第一項之申請提供審查意見併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。