本辦法所稱研究發展之支出，指中小企業研究發展單位從事第二條研究發展活動所支出之下列費用：
一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。
二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供其研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。
三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。

前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。

第一項所稱中小企業研究發展單位，指專責從事研究發展活動之單位。

中小企業未設置研究發展單位，其配置於非屬研究發展單位之全職研究發展人員確有從事研究發展活動，且其投入研究發展活動之各項支出可與非研究發展活動明確區分者，應就第一項支出，檢附下列文件，依第十三條第一項規定由中小企業之公司登記所在地之稅捐稽徵機關核實認定其研究發展支出及核定其投資抵減稅額：
一、第一項第一款人員工作內容、工作活動紀錄、工作時間紀錄與足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件。
二、第一項第二款至第四款購置目的、內容及足資證明專為研究發展用途之文件。