申請適用本條例第三十六條之二第三項規定之中小企業，其薪資費用支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。

中小企業因調高基層員工平均薪資給付水準所增加之薪資給付費用，如已適用本條例第三十六條之二第一項及第二項規定，或其他租稅優惠措施減除營利事業所得額，不得重複適用本辦法之規定。

中小企業依本辦法規定得減除之金額，減除至當年度課稅所得額為零止。

中小企業依所得稅法第二十四條規定計算之課稅所得額為負數者，不得依本辦法規定適用加成減除。