各級政府機關、公營事業機構辦理本辦法相關事項，各級承辦人員對非由於故意、重大過失或舞弊情事所造成之金額短差，得依審計法第七十七條第一款規定免除全部之損害賠償責任，或免除予以糾正之處置。

民營事業機構辦理本辦法相關事項，各級承辦人員對非由於故意、重大過失或舞弊情事所造成之金額短差，得免除相關行政及財務責任。

經濟部得投保責任保險，以填補因發放三倍券經結算後有金額短差之損失。