本會辦理績效評鑑之作業程序如下：
一、自評：國原院應配合年度決算於會計年度終了時，擬具年度績效評鑑報告，經董事會完成自評，並填具績效評鑑自評報告，併同年度決算書，於次年三月一日前提交本會複評。
二、複評：評鑑會複評時，得視需要辦理實地查證，並參酌前款績效評鑑自評報告及其他相關資料，加註審查意見或建議事項，以書面送請國原院提出說明後，於次年六月一日前完成複評。
三、核定：本會應於次年七月一日前核定績效評鑑報告，由國原院於七月十五日前公告年度績效評鑑報告。

本會為辦理績效評鑑，以書面為原則，必要時得依評鑑項目實地訪視。國原院應提供評鑑所需資料，並配合相關評鑑作業。

前項實地訪視，應經評鑑會會議決議，實地訪視應有評鑑委員三人以上出席。