本局之次級機關及其業務如下：
一、各航空站：執行航空站土地、設施、航空器離到場、機場災害、飛安預防及其他有關機場事項。
二、飛航服務總臺：執行臺北飛航情報區飛航情報、飛航管制、航空通訊、航空電子及航空氣象等相關飛航服務事項。