秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務之管理。
三、工友（含技工、駕駛）之管理。
四、訴願、行政訴訟、國家賠償案件及其他法制事項之處理。
五、本署安全防護事項之處理。
六、不屬其他各組、室、中心事項。