臺灣南區氣象中心掌理事項如下：
一、臺灣南部地區各氣象與雷達站相關資料之彙整及區域作業支援。
二、臺灣南部地區之氣象測報資訊服務及災防聯繫之作業支援。
三、氣象展示場之規劃、發展、維運及管理。
四、臺灣南部地區氣象、地震、天文、海象知識與相關防災常識之推廣及宣導。
五、臺南市氣象觀測、資料校核、監測通報、統計、保存及設施之初級維護。
六、原台南測候所之國定古蹟管理及維護。
七、本署資料收集、數值模式計算處理、監測分析、預報執行相關業務之作業備援。
八、其他有關臺灣南區氣象中心業務事項。