工事科掌理事項如下：
一、工程品質管理制度之執行及督導、查核之彙辦。
二、工程履約爭議及人民陳情案件之處理。
三、工程進度之管制、計價之審核及竣工之驗收。
四、工程契約及圖說資料之管理。
五、工程標案採購及相關專業訓練之辦理。
六、工程材料及帳務之管理。
七、土建與軌道工程施工、監造之督導及品質之查核、管考。
八、其他有關工事事項。