運務及安全衛生科掌理事項如下：
一、場站及行車旅運設施新建或改建之協調。
二、施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
三、軌道切換計畫之研擬及執行。
四、鐵道系統營運前各階段檢查作業及營運之監督管理。
五、職業安全衛生管理及教育訓練之辦理。
六、工程災害之防救及緊急應變。
七、計畫之環境影響評估、變更與承諾事項督導及水土保持之管理。
八、其他有關運務及安全衛生事項。