本部設下列司、處：
一、綜合規劃司，分五科辦事。
二、路政及道安司，分五科辦事。
三、公共運輸及監理司，分五科辦事。
四、航政司，分六科辦事。
五、交通產業發展及國際事務司，分四科辦事。
六、交通科技及資訊司，分五科辦事。
七、秘書處，分五科辦事
八、人事處，分四科辦事。
九、政風處，分三科辦事。
十、會計處，分六科辦事。
十一、統計處，分三科辦事。
十二、法制處，分三科辦事。