綜合規劃司掌理事項如下：
一、施政方針、施政計畫之研擬、規劃、研究發展及推動。
二、國營事業考成之指標研擬及績效評核。
三、計畫管制、評核與內部控制及內部稽核。
四、議事及性別主流化等相關事項。
五、氣候變遷調適及溫室氣體減量政策之管考。
六、交通技術規範之研擬及審議。
七、重大工程之督導及考核。
八、交通動員準備業務之規劃及督導。
九、天然災害防救、交通設施反恐應變計畫之督導及執行。
十、其他有關綜合規劃事項。