本局設企劃組、空運組、飛航標準組、飛航管制組、場站組、助航組、供應組、資訊室、秘書室、人事室、會計室及政風室。

各組室掌理事項，依照本局組織條例及實際業務情況訂定之，各組室並得分科辦事。