飛航業務室職掌如下：
一、飛航情報、飛航管制、航空氣象及航空通訊業務之規劃、建議、審核及研究發展事項。
二、本區空域運用之規劃及建議事項。
三、飛航管制案件之調查、研判與處理事項。
四、飛航情報、飛航管制、航空氣象及航空通信人員之訓練規劃、檢定及各類業務督導、考核事項。
五、軍事演習、炮火射擊等空域申請之審核處理事項。
六、作業單位人力需求之規劃及建議事項。
七、飛航業務資料之統計、分析及提供事項。
八、其他交辦事項。