運輸計畫組職掌如下：
一、全國性及區域性整體運輸系統之分析研究與發展建議事項。
二、軌道、公路、海運及空運運輸部門子系統之研究與發展建議事項。
三、重大交通建設之先期研究規劃事項。
四、配合都市及區域發展中有關運輸部門之研究與審核建議事項。
五、運輸規劃理論與方法之研究事項。
六、運輸規劃支援軟體系統之開發研究事項。
七、其他有關運輸規劃研究事項。
運輸工程組職掌如下：
一、特定運輸工程建設計畫之推動與建議事項。
二、補助地方交通建設工程計畫之審核與建議事項。
三、運輸通信部門經建計畫之審議及執行之檢討事項。
四、全國性與區域性綜合開發計畫有關運輸部門執行情形之彙報事項。
五、公路、軌道、港埠、河道、機場等工程技術之研究與發展事項。
六、其他有關運輸工程事項。
運輸經營管理組職掌如下：
一、運輸經營管理政策、法規、制度之研究與建議事項。
二、運輸經濟課題之研究事項。
三、大眾運輸投資計畫經濟評估與財務分析之審議及建議事項。
四、運輸經營管理技術之研究、發展與推廣事項。
五、運輸事業經營及管理課題之研究事項。
六、促進民間參與交通建設之研究與建議事項。
七、發展大眾運輸相關課題之研究與建議事項。
八、物流、運籌等相關課題之研究與建議事項。
九、其他有關運輸經營管理研究事項。
運輸安全組職掌如下：
一、運輸安全政策、制度與組織檢討、分析、研究與建議事項。
二、運輸安全相關資料調查、分析與資訊系統研發事項。
三、重要運輸安全問題檢討、分析、研究與改進建議事項。
四、運輸安全先進科技規劃設計、研究與發展事項。
五、運輸安全相關實務技術檢討、研發、改進、推廣與計畫審核事項。
六、易肇事路段改善計畫研擬、技術研發與推動事項。
七、道路交通安全之工程、教育、宣導、監理、執法及保險等相關課題研究與推廣事項。
八、運輸之人因工程課題分析與研究事項。
九、軌道運輸安全課題分析與研究事項。
十、水運安全課題分析與研究事項。
十一、分析與研究事項。
十二、其他有關運輸安全研究事項。
運輸資訊組職掌如下：
一、運輸資通訊應用與技術之研發及推廣事項。
二、運輸基本資料之調查、彙集、統計、分析及編輯事項。
三、本所圖書資料之蒐集、購置、交換及管理事項。
四、本所出版品與資料之提供及發行管理事項。
五、本所資訊系統之建立、維護與管理事項。
六、本所資訊訓練與技術支援事項。
七、運輸研究相關應用軟體之開發、引進及更新維護事項。
八、其他有關運輸資訊研究事項。
綜合技術組職掌如下：
一、智慧型運輸系統及其他運輸科技之研究與發展、技術移轉及應用推廣事項。
二、環境影響說明或評估之交通運輸審查事項。
三、交通衝擊評估之相關研究與發展及審查事項。
四、運輸能源發展政策及相關課題之研究與發展事項。
五、永續運輸發展政策及相關課題之研究與發展事項。
六、國內外運輸相關機構及團體之聯繫及合作事項。
七、其他有關運輸綜合技術研究事項。
港灣技術研究中心職掌如下：
一、港灣構造物之開發及設計研究事項。
二、港灣設計、施工、維修及估價手冊研訂事項。
三、台灣四周海氣資料調查建構分析研究事項。
四、港灣及海岸水工模型試驗、海岸水力學研究等事項。
五、港灣構造物基礎研究事項。
六、港灣及鄰近海岸大地監測調查研究事項。
七、港灣工程材料調查及試驗研究事項。
八、港灣構造物腐蝕診斷與防制研究事項。
九、港灣及海岸水力研究、數值模擬計算及資料處理系統開發等事項。
十、港灣及海岸環境地理資訊系統建置及維護事項。
十一、港埠運輸系統運量分析、預測及研究事項。
十二、其他有關港灣及海岸工程技術研究事項。
秘書室職掌如下：
一、施政計畫及工作報告之編擬事項。
二、研究發展及管制考核工作之推動事項。
三、文書收發、查催、繕校及檔案管理事項。
四、印信典守事項。
五、採購、財產登記及保管事項。
六、房屋修繕管理事項。
七、工友、司機及技工之管理事項。
八、車輛調配、保養及油料使用之管理事項。
九、現金及票據保管事項。
十、員工薪給發放事項。
十一、各項會議與各種慶典會場佈置及茶水供應事項。
十二、公保費、勞保費之繳納事項。
十三、公共關係及新聞聯繫發布事項。
十四、召開本所工作會報應行辦理事項。
十五、其他不屬於各單位職掌之事項。
人事室職掌如下：
一、組織編制、職務規劃管理及員額分配事項。
二、職員任免、遷調、銓審及俸給事項。
三、職員考績、獎懲及勤惰考核事項。
四、職員待遇、福利事項。
五、職員保險、退休及撫卹事項。
六、職員訓練、進修及考察事項。
七、員工品德及對國家忠誠之查核事項。
八、人事資料登記管理事項。
九、其他有關人事管理事項。
會計室職掌如下：
一、預（概）算及預算分配之籌劃編製事項。
二、預算之執行、控制及財務之稽核事項。
三、會計憑證之審核、編製及送審事項。
四、會計簿籍之登記、會計報告、績效報告及工作進度報告之編製事項。
五、財產增減之審核及統制帳之登記事項。
六、經費流用及保留之申辦事項。
七、支票之會簽、庫存現金票據、銀行存款之查點事項。
八、半年結算及決算之編製事項。
九、採購案件之核議與監辦事項。
十、債權、債務及各種契約合同之會核登記事項。
十一、會計制度與財務章則辦法之研擬及修訂事項。
十二、會計人員之任免、遷調、考核、獎懲之擬辦事項。
十三、公務統計資料之蒐集、分析及編報事項。
十四、其他有關歲計、會計及統計事項。