業務課掌理下列事項：
一、商港設施經營管理事項。
二、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。
三、港埠業務費計收事項。
四、商港服務費收取事項。
五、有關商港營運發展企劃事項。
六、棧埠設施維護管理事項。
七、旅客服務事項。
八、棧埠業務調派申請事項。
九、客戶服務事項。
十、資訊設備管理維護事項。
十一、法制業務事項。
十二、其他交辦事項。