工務課掌理下列事項：
一、港灣、土木、建築、機電工程預算之擬訂及執行事項。
二、港灣、土木、建築、機電工程設計、繪圖、估價、審查、發包、施工 及驗收事項。
三、港灣、土木、建築、機電工程建築執照、使用執照及消防、電力、給 排（污）水相關機電證照申領事項。
四、新建工程委外規劃、設計與監造事項。
五、港區範圍內陸上港工作業管理及許可證核發事項。
六、港區水陸域各項測量工作申辦事項。
七、緊急災害搶救工程事項。
八、工程圖檔建立與管理事項。
九、其他交辦事項。