業務組設企劃、營運、客戶服務三科，分別掌理下列事項：
一、商港設施經營管理事項。
二、船舶營運發展企劃事項。
三、船舶貨物裝卸承攬業經營許可事項。
四、港埠業務費項目及費率擬訂計收事項。
五、商港服務費收取事項。
六、客戶服務事項。
七、有關業務管理法規擬議修訂事項。
八、業務專案研究發展事項。
九、其他交辦事項。