搬運課掌理下列事項：
一、裝卸作業規劃、督導、協調及建議事項。
二、裝卸作業事故處理事項。
三、港區危險品裝卸作業管理事項。
四、貨物裝卸量統計及效率分析事項。
五、裝卸作業重大違規案件處理事項。
六、裝卸計費報表之督導管理事項。
七、公民營拖駁船業管理事項。
八、貨櫃裝卸機具操作訓練之推動及建議事項。
九、船舶貨物裝卸承攬業之作業督導及協調連繫事項。
十、國內航線貨物商港服務費案件之協調處理事項。
十一、其他交辦事項。