業務課掌理下列事項：
一、商港設施經營管理事項。
二、商港營運發展企劃事項。
三、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。
四、港埠業務費計收事項。
五、商港服務費收取事項。
六、旅客服務事項。
七、客戶服務事項。
八、勞工安全衛生管理、訓練宣導及職業災害處理事項。
九、辦理港埠作業委託事項。
十、專戶經理人之聯繫事項。
十一、其他交辦事項。