棧埠管理所掌理下列事項：
一、倉棧運用及規劃事項。
二、進出口貨物進倉申請及倉位分配事項。
三、貨棧登記證之申請、變更、撤銷、換照及相關海關業務事項。
四、船舶貨物裝卸承攬業，現場工作之督導、協調及建議事項。
五、港區危險品裝卸作業管理事項。
六、倉庫設施維護及管理事項。
七、船舶加水及管理事項。
八、裝卸量統計及效率分析事項。
九、民間機具進入港區受理申請事項。
十、裝卸作業勞工安全衛生督導事項。
十一、其他交辦事項。