運務處分設營業、運轉、綜核三科分別掌理下列事項：
一、營業科
（一）列車運輸系統之規劃及運輸績效之統計。
（二）客運一般業務之策劃與辦理。
（三）客運規章之擬（修）訂、解釋，客運運價建議、分析。
（四）客運票務之相關業務、票證使用設計及請領之核定。
（五）站車秩序相關業務、旅客投訴及輿論、建議案件處理。
（六）對號列車座號分配調撥、對號列車團體票受理、電腦售票檔案建檔。
（七）站車客運服務業務、播音規劃建置。
（八）站車服務人員在職訓練、督導、考核。
（九）站內及非行車事故傷亡案件處理。
（十）貨運規章之擬（修）訂、解釋；運價建議、分析及業務督考、促銷計劃研訂。
二、運轉科
（一）運轉規章增修訂及疑義之解釋。
（二）行車保安裝置新設改善之規劃及審核。
（三）站場路線軌道之新設及改善規劃及審查。
（四）平交道保安設備改善之規劃及審核配合事宜。
（五）行車事故調查及處理。
（六）行車事故統計。
（七）行車員工在職訓練、督導、考核。
（八）行車事故死亡者之慰問金及撫卹賠償等之協調議辦。
（九）行車事故本局所受損失案涉兩單位（處）以上之彙總索賠及和解案件議辦。
（十）其他交辦事項。
三、綜核科
（一）運務處暨各分支機構人力運用、工作班制之規劃訂定、執行、考核等相關業務。
（二）運務處暨各分支機構常年一般暨專業教育訓練。
（三）運務處文書處理、庶務管理、廳舍管理、工程預算編列執行。
（四）運務處年度預算編列、執行、控管、帳務管理。
（五）運務處財產管理、物料之請購、配發與運用。
（六）車站空調設備、公務車輛等請購管理維修及油料、油脂費用預算編列控管調配。
（七）其他交辦事項。