工務處分設路線、橋隧、管理三科分別掌理下列事項：
一、路線科
（一）養路計畫及軌道養護工作之研擬、督導、考核及軌道工程年度預算之編製。
（二）軌道新建、站場改善之預算編列、設計、圖說之審核驗收。
（三）行車事故之處理。
（四）工務養護規章及軌道標準圖之擬（修）訂。
（五）軌道及站場圖檔管理。
（六）行車安全工作及路線巡查之督導考核。
（七）辦理代辦軌道工程。
（八）辦理號誌保安裝置及平交道工程、預算審核、檢查、督導考核。
（九）號誌保安裝置及平交道標準圖及規範之擬（修）訂及管理。
（十）看柵工之考勤及訓練。
二、橋隧科
（一）土木、建築工程年度預算之編擬。
（二）土木及建築結構物相關規章及標準圖之擬（修）訂。
（三）土木、建築工程設計及施工規範之擬（修）訂。
（四）土木、建築工程材料規範之擬（修）訂。
（五）重大土木、建築工程之規劃、設計及審核。
（六）土木、建築工程之新建、維修預算審核。
（七）土木、建築工程變更預算審核。
（八）土木、建築工程驗收。
（九）辦理橋梁、隧道資訊管理系統。
（十）土木、建築結構物財產之管理。
三、管理科
（一）工程開工、停工、復工、竣工審查及變更議價簽認。
（二）工程之結算、驗收、決算之審查及契約保管。
（三）配合上級機關及審計機關之查核。
（四）代辦工程之報價及退款。
（五）工程爭議、調解、訴訟、及仲裁案件處理。
（六）年度專業訓練計畫之擬訂事項。
（七）工程管考、計畫編修及預算控管。
（八）工務處暨各工務段、工務養護總隊人力規劃、訂定、執行、督導、考核。
（九）工務處暨各工務段、工務養護總隊年度預算編列、執行、控管。
（十）工務處文書管理、檔案管理。