機務處分設行車技術、車輛、綜核三科分別掌理下列事項：
一、行車技術科
（一）動力車、客貨車編組運用與調配計畫。
（二）動力車性能研究、測試與列車運轉技術指導及行車督導考核。
（三）各型動力車、客貨車檢修計畫與車輛清洗計劃與特種闊大物運送、自備貨車管理督導考核。
（四）行車事故及動力車、客貨車故障調查處理與搶修業務之考核。
（五）動力車電力需求及行車保安設施之研擬與改善。
（六）行車規章擬（修）訂、行車設備之改善與機班排班、訓練管理、運轉與檢修人力需求籌劃。
（七）各機廠及各機檢段行車運轉與檢修業務之督導考核及工作證照核發與管理。
（八）修車外包評估與規劃。
（九）各變電站契約容量之擬訂。
（十）機車牽引定數與列車運轉時分擬訂。
二、車輛科
（一）動力車、客貨車購置、更新及改造等之規劃設計、採購技術規範擬訂及其計畫之執行。
（二）動力車、客貨車設備及配組件等重大故障之研究改善及其專案執行。
（三）動力車、客貨車設備及配組件等更新或改造之設計及其專案執行。
（四）動力車、客貨車設備及配組件等採購技術規範之擬訂。
（五）動力車、客貨車及各機廠及各機檢段設備等檢修程序之研訂、維修技術資料編纂。
（六）動力車、客貨車及各機廠及各機檢段設備等設計圖之管理。
（七）動力車、客貨車車籍管理與報廢處理。
（八）各機廠及各機檢段設備增添及報廢規劃與財產增加或減損。
（九）各機廠及各機檢段設備之新增、更新及改造等規劃設計、採購技術規範擬訂及其計畫之執行。
（十）各機廠及各機檢段工程預算編擬驗收決算之執行。
三、綜核科
（一）機務處暨各機廠、各機檢段人力規劃、訂定、執行、督導、考核。
（二）行車與維修人力養成與人員專業培訓計畫擬辦。
（三）配合推動綜合性法令規定及服務與管理。
（四）機務處暨各機檢段年度預算編擬及執行控管。
（五）機務處文書、檔案、庶務、宿舍管理、財產及帳務處理。
（六）機務處暨各機廠、各機檢段維修機料預算編擬與物料供應控管。
（七）各機廠及各機檢段呆廢料處理。
（八）其他交辦事項。