本所設左列各組、室：
一、綜合組。
二、行車組。
三、客車組。
四、貨車組。
五、計畫組。
六、行控一室。
七、行控二室。
八、行控三室。
九、人事室。

各組、室掌理事項，依照本局所屬分支機構組織通則及實際業務情況訂定之。