綜合調度所行控室轄區：
一、行控一室：八堵－蘇澳站及平溪線、深澳線
二、行控二室：竹南－彰化站（含縱貫線及臺中線）
三、行控三室：臺南－臺東站（含臨港線）

行控一室、二室、三室掌理左列事項：
一、辦理行車調度工作、登記及繪製運行圖。
二、行車事故及災害之應變處理措施及通報。
三、對於工程施工之路線封鎖、慢行、電車線斷電、電搖車行駛等申請之准許與發布行車命令。
四、臨時列車時刻變更、加開、停駛及臨時列車之計劃與執行。
五、列車延誤之分析及製作分析表。
六、有關行車文電之收發及整理。
七、對於動力車及機班調度之協調及列車乘務員之臨時指派。
八、其他交辦事項。