船員組掌理事項如下：
一、船員發展、培訓計畫之研議與相關國際公約認可之研擬及資料蒐集。
二、船員相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
三、船員規劃及研考業務之處理。
四、船員訓練設備購置補充之審議。
五、船員訓練機構、動力小船駕駛、遊艇駕駛及其訓練機構之管理。
六、船員各項訓練、適任性評估與航海人員測驗及發證之管理。
七、船員訓練計畫書核可之研擬。
八、水運動員之船員管理。
九、船員證件、最低安全配額、船員勞動條件及檢查之管理。
十、其他有關船員、動力小船與遊艇駕駛等事務之處理及督導。