各航務中心掌理事項如下：
一、航業監理業務之執行。
二、船員服務手冊、適任證書之核發、換發、補發作業及船員監理業務之執行。
三、船舶檢查、丈量、註冊、登記、載重線勘劃業務之執行。
四、海事案件之調查處理、打撈業務及海難救護業務之管理。
五、引水業務及引水人管理。
六、航路標誌管理及維護之執行。
七、商港公有公共基礎設施之維護及管理。
八、自由貿易港區管理機關應辦理事項之執行。
九、港區污染防治之管理。
十、其他有關航政及港政事務之執行。