航務組掌理事項如下：
一、航業、海商相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
二、水運航線之規劃、船舶之調配及航線證書之核發。
三、航業設立登記、變更登記及註銷登記、費率之備查。
四、船舶運送業聯營組織及業務之監理督導。
五、臺灣地區與香港、澳門及大陸地區航運業務之處理。
六、違反航業法規規定及消費者保護案件之處理。
七、外國船舶運送業在臺分支機構之設立登記、變更登記、註銷登記及監督管理。
八、績優航商表揚之審核。
九、航運條約或協定之處理。
十、其他有關航務事務之處理。