業務科掌理事項如下：
一、服務區與休息站之規劃、營運、管理及督導。
二、國道加油站營運之管理及督導。
三、回數票證回收作業。
四、通行欠費裁罰之處理。
五、通行欠費強制執行、訴願、訴訟之處理。
六、電子收費前端設備管理、專用無線電臺執照申請、設備保養維護稽核與緊急作業協助及查核。
七、其他有關服務區、休息站及電子收費事項。