土建軌道科掌理事項如下：
一、土建與軌道工程之設計、變更及預算編審。
二、土建與軌道工程替代工法之研擬及審查。
三、土建與軌道工程之景觀及公共藝術設置。
四、測量工程之督導及考核。
五、軌道與測量材料、機具之招標文件編列、請購及檢驗。
六、場站之佈置、工程設計及預算編審。
七、土建與軌道工程及機電工程界面之整合協調。
八、其他有關土建及軌道事項。