秘書處掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購、車輛及其他事務之管理。
三、本部辦公廳舍不動產之取得、運用及管理配置。
四、本部所屬機關辦公廳舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
五、工友（含技工、駕駛）之管理。
六、本部及所屬機關、主管財團法人與行政法人之採購稽核及公共工程查核。
七、不屬其他各司、處事項。