本部設下列司、處：
一、數位策略司，分六科辦事。
二、韌性建設司，分六科辦事。
三、資源管理司，分六科辦事。
四、數位政府司，分六科辦事。
五、民主網絡司，分五科辦事。
六、多元創新司，分六科辦事。
七、秘書處，分四科辦事。
八、人事處，分二科辦事。
九、政風處。
十、主計處，分二科辦事。
十一、資訊處，分三科辦事。
十二、法制處，分三科辦事。