民間機構申請依本條例第二十九條規定抵減營利事業所得稅，其抵減率適用交貨時之規定；本辦法中華民國九十五年十二月二十三日修正生效前，已依本條例第三十八條規定完成興建營運簽約手續或依本條例第六條第三款規定辦理自行規劃之交通建設計畫，經主管機關審核通過者，其抵減率適用簽約或審核通過時之規定，但九十九年七月十四日以後核定之分期程興建或營運計畫，其抵減率適用各期程計畫核定時之規定。