民間機構參與交通建設投資於研究與發展之支出，在同一課稅年度內支出總金額達新臺幣三百萬元或達營業收入淨額百分之二者，得按百分之十五抵減當年度應納營利事業所得稅額；支出總金額達新臺幣三百萬元且超過該年度營業收入淨額百分之三，其超過部分得按百分之二十抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。

前項所定研究與發展之支出，包括參與交通建設之民間機構為研究或改進興建、營運技術所支出之下列費用：
一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。
二、興建、營運單位研究或改進興建、營運技術之費用。
三、具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。
四、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本。
五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。
六、專為研究發展購買或使用之專利權、專門技術及著作權之當年度攤折或支付費用。但按營運量支付一定比例之價款或定期支付一定金額之價款，不包括在內。
七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
八、經交通部及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
九、其他經交通部及財政部專案認定屬研究與發展之支出。

前項第七款所定研究機構，包括政府之研究機關（構）、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。