本基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、商港服務費收入。
三、財產出租或設定地上權予商港經營事業機構或其他機關（構）之收入。
四、商港經營事業機構提撥之年度盈餘分配收入。
五、航港局經營及管理之國內商港營運收入。
六、原商港建設費撥入。
七、本基金之孳息收入。
八、其他有關收入。