本基金之用途如下：
一、防波堤、航道、迴船池、助航設施、公共道路及自由貿易港區之資訊、門哨、管制設施及其他商港公共基礎設施支出。
二、基於航港政策需要與配合國際公約辦理之研究發展規劃、調查研究、參與國際港口相關組織、港口保全、管制及設備建置等支出。
三、配合航港發展需要有關之聯外交通設施、環保節能設施、污染防治設施、商港交通管理設施及商港土地取得等支出。
四、航港局經營及管理之國內商港營運支出。
五、管理及總務支出。
六、其他有關支出。

前條第二款商港服務費收入，全數用於國際商港建設。