有關機關查詢通信紀錄應先考量其必要性、合理性及比例相當原則及並應符合相關法律程序後，再備正式公文或附上電信通信紀錄查詢單（格式如附件），載明需查詢之電信號碼、通信紀錄種類、起迄時間、查詢法律依據或案號、資料用途、機關全銜、連絡人姓名、連絡電話、傳真機號碼及列帳電話號碼等，加蓋機關印信及其首長職章，送該電信用戶所屬電信事業指定之受理單位辦理。但案情特殊、情況緊急之查詢，得由法官、軍事審判官、檢察官、軍事檢察官、查詢機關首長或其書面指定人於電信通信紀錄查詢單署名並加蓋職章及連絡人之資料，視同機關正式公文書先傳真之，並經回叫確認為之，查詢後應於三個工作日內補具正式公文或加蓋印信之電信通信紀錄查詢單正本。未於三個工作日內補具公文或查詢單者，電信事業得拒絕受理其再次傳真查詢。

前項之查詢，經查詢機關與電信事業雙方認證同意，得以經加密之電子郵件或資訊系統為之，該電子郵件或資訊系統之電子表單，視同正式公文或電信通信紀錄查詢單正本。