船舶國籍證書有遺失、滅失或破損時，船舶所有人應自發覺或事實發生之日起三個月內，填具船舶國籍證書申請書，並申敘事由，向航政機關申請補發或換發。

船舶國籍證書登載事項有變更、遺漏或錯誤時，船舶所有人應自發覺或事實發生之日起三個月內申請變更記載。但船名、船舶所有人或船舶用途變更時，應申請換發證書。