本法之主管機關為交通及建設部。

商港之經營及管理組織如下：
一、國際商港：由主管機關設國營事業機構經營及管理；管理事項涉及公權力部分，由交通及建設部航港局（以下簡稱航港局）辦理。
二、國內商港：由航港局或行政院指定之機關（以下簡稱指定機關）經營及管理。