自由港區事業經結束營業、撤銷、廢止營運許可，其免稅貨物、機器、設備之處理，未依本條例第三十一條規定辦理者，於事實發生之日起二個月內由管理機關會同海關、自由港區營運機構辦理盤點結算及監管業務，並移送徵收機關辦理。

申請經營自由港區事業取得籌設許可後，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可，其自用機器、設備之處理，未依本條例第三十一條規定補繳稅費或復運出口者，亦應依前項規定辦理。