自由港區事業籌設完成後，應向管理機關申請營運許可。

管理機關受理後，應會同相關機關（構）就自由港區事業工廠內機器、機具設備之裝置、安全衛生設施、勞動條件、污染防治及電腦連線設備實施營運、貨物控管、帳務處理等事項進行勘查。

前項勘查發現有未依計畫內容進行籌設者，管理機關及有關機關得限期命其改善；屆期未改善者，由管理機關駁回其營運許可之申請。

經勘查合格者，由管理機關許可其營運。