公民營事業機構未依契約履行約定事項，發生違約情事時，經營機構得視違約事項及程度，依契約採取以下處理方式，且不以一項為限：
一、限期改善。
二、計收違約金。
三、請求損害賠償。
四、終止一部或全部之投資經營事項。
五、終止契約。

投資經營商港設施之自由港區事業發生下列情事之一時，經營機構得終止其契約：
一、自由港區事業籌設許可或營運許可經自由港區管理機關廢止或撤銷者。
二、未經營自由港區業務或產生效益未達計畫所提且經通知限期改善而未改善者。