臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸包機者，其航機務審查、試航、申請條件、程序及申請費等事項，準用民用航空運輸業管理規則第十三條第二項、第十六條第一項、第三項、第三十五條之一、國際航權分配及包機審查綱要第十三條第一項及第二項規定。

臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸空運相關協議明定以定期班機管理之包機者，依前條規定辦理。

臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸包機之航線，已有業者經營定期航線班機者，應不予核准。但專案申請經民航局核准者，不在此限。