本部之次級機關及其業務如下：
一、疾病管制署：規劃與執行傳染病之預防及管制事項。
二、食品藥物管理署：規劃與執行食品、藥物與化粧品之管理、查核及檢驗事項。
三、中央健康保險署：規劃及執行全民健康保險事項。
四、國民健康署：規劃與執行國民健康促進及非傳染病之防治事項。
五、社會及家庭署：規劃與執行老人、身心障礙者、婦女、兒童及少年福利及家庭支持事項。
六、國民年金局：執行國民年金事項。

國民年金局未設立前，其業務得委託其他政府機關（構）執行。