本所掌理下列事項：
一、中醫理論及診斷基準之研究。
二、中醫醫療技術之療效評估。
三、中藥材基源鑑定、種源保存及培育之研究。
四、中藥藥理成分之分離、純化、鑑定及其他藥物化學有關之研究。
五、中藥藥理、毒理與相關安全性之研究及療效評估。
六、中藥及其製劑品質基準之研究。
七、中醫藥典籍之收集、保存、研究及發展應用。
八、中醫藥研究與專業人員之培訓及國際合作。
九、其他有關中醫藥研究事項。